Comptabilité de la micro-entreprise : le guide complet 2026

Beaucoup d’auto-entrepreneurs découvrent leurs obligations comptables au moment d’un contrôle ou d’une déclaration ratée. Or la micro-entreprise repose sur un régime volontairement allégé : peu de documents à tenir, mais ceux qui existent sont incontournables. Voici ce que la loi impose réellement, ce qu’elle n’impose pas, et comment organiser une tenue simple au quotidien.

Ce que la loi impose réellement

Le livre des recettes

C’est le document central, obligatoire pour tous les micro-entrepreneurs sans exception. Il enregistre chaque encaissement dans l’ordre chronologique, avec la date, le montant, la nature de l’opération et le mode de règlement. Aucun logiciel n’est imposé : un tableur suffit légalement, à condition que le document soit complet, non modifiable a posteriori sans trace, et présentable en cas de contrôle de l’Urssaf ou de l’administration fiscale.

Le registre des achats (selon l’activité)

Ce registre récapitule les achats de marchandises, matières premières ou fournitures liés à l’activité. Il n’est obligatoire que pour les activités de vente de marchandises, de fourniture de logement ou de restauration. Une activité de prestation de services, qu’elle relève des BIC ou des BNC, n’y est en principe pas soumise, même si conserver ses justificatifs d’achats reste toujours utile pour suivre sa marge réelle.

Des factures conformes

Chaque facture émise doit comporter les mentions obligatoires classiques : identification du vendeur et du client, numéro et date, description de la prestation ou du bien, prix. Tant que la franchise en base de TVA s’applique, la mention TVA non applicable, art. 293 B du CGI doit y figurer. À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises, y compris les micro-entreprises, doivent aussi être en mesure de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée. L’émission au format structuré suivra en 2027, voir notre guide complet sur la facturation électronique.

Un compte bancaire dédié

L’ouverture d’un compte séparé pour l’activité devient obligatoire une fois qu’un certain niveau de chiffre d’affaires est dépassé pendant deux années civiles consécutives. En dessous de ce seuil, ce n’est qu’une recommandation, mais une recommandation forte : elle évite de mélanger les flux personnels et professionnels et facilite énormément la tenue du livre des recettes.

Ce que vous n’avez PAS à faire

Le régime micro-entreprise dispense de plusieurs obligations qui pèsent sur les autres formes juridiques :

• Pas de bilan comptable ni de compte de résultat. La comptabilité d’engagement, avec ses écritures en partie double, ne s’applique pas.
• Pas de liasse fiscale à déposer chaque année.
• Pas de TVA à facturer tant que le chiffre d’affaires reste sous les seuils de la franchise en base : 85 000 € (seuil majoré 93 500 €) pour la vente de marchandises et l’hébergement, 37 500 € (majoré 41 250 €) pour les prestations de services et professions libérales, 50 000 € (majoré 55 000 €) pour les avocats, auteurs et artistes-interprètes.

Ces seuils de TVA ne doivent pas être confondus avec les plafonds du régime micro-entreprise lui-même, revalorisés le 26 février 2026 : 203 100 € pour la vente de marchandises et l’hébergement, 83 600 € pour les prestations de services et professions libérales. La sortie du régime n’intervient qu’après deux années consécutives de dépassement de ces plafonds. Pour situer votre activité par rapport à l’ensemble de ces seuils, utilisez notre simulateur des seuils micro-entreprise.

Les cotisations sociales : un calcul sur l’encaissé

Contrairement à la TVA ou aux plafonds du régime, les cotisations sociales se calculent chaque mois ou trimestre, sur le chiffre d’affaires réellement encaissé, pas sur le facturé. Les taux varient selon l’activité :

Activité	Taux de cotisation
Vente de marchandises	12,3 %
Prestations de services (BIC, commerçant/artisan)	21,2 %
Profession libérale, régime général	25,6 %
Profession libérale, CIPAV	23,2 %

S’y ajoute la contribution à la formation professionnelle (CFP) : 0,1 % pour un commerçant, 0,3 % pour un artisan, 0,2 % pour un libéral. Les bénéficiaires de l’ACRE profitent d’un taux réduit de moitié sur les premières périodes d’activité. Pour estimer précisément ce que vous devrez verser, notre simulateur de cotisations Urssaf applique directement ces taux à votre chiffre d’affaires encaissé.

La tenue au quotidien

Une comptabilité de micro-entreprise bien tenue ne demande pas des heures chaque semaine, à condition de prendre quelques habitudes :

1. Enregistrer chaque encaissement dès sa réception, plutôt que d’accumuler les justificatifs en fin de mois.
2. Classer immédiatement chaque facture, émise comme reçue, dans un espace unique (numérique de préférence).
3. Surveiller son chiffre d’affaires cumulé par rapport aux seuils de TVA et aux plafonds du régime, pour anticiper un franchissement plutôt que le subir.
4. Déclarer son chiffre d’affaires encaissé à l’Urssaf dans les délais, mensuellement ou trimestriellement selon l’option choisie.

Quand faire appel à un expert-comptable

Rien n’oblige un micro-entrepreneur à s’attacher les services d’un expert-comptable : c’est la contrepartie de la simplicité du régime. Mais certaines situations rendent son avis précieux : approche d’un seuil de TVA ou de sortie du régime micro, activité mixte combinant vente et prestation, questionnement sur le passage en société, ou simple besoin de sécuriser une déclaration avant un contrôle. Dans ces cas, l’enjeu n’est pas de refaire la comptabilité à sa place, mais de fiabiliser des choix qui ont un impact fiscal et social réel.

Comment Fusion Compta automatise votre comptabilité de micro-entrepreneur

Fusion Compta est pensé pour que cette tenue au quotidien ne devienne jamais une charge. L’application lit vos factures photographiées, les classe et rapproche les paiements automatiquement grâce à l’IA : il suffit de valider, pour environ une vingtaine de factures gérées en une minute par jour. La conformité à la facturation électronique de 2026 et 2027 est intégrée dès aujourd’hui, sans configuration à prévoir plus tard. Et surtout, Fusion Compta ne remplace pas votre expert-comptable : tout ce qui est saisi et classé lui est transmis déjà préparé, ce qui réduit les allers-retours et les honoraires liés à la ressaisie.

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